Оперативные группы создавались в соответствии с соглашением между Главным управлением имперской безопасности (РСХА) и Верховным главнокомандованием вооруженными силами Германии (ОКВ).
В середине мая 1941 Гейдрих поручил шефу гестапо (Амт IV) Генриху Мюллеру обсудить с военными властями соглашение о деятельности айнзатцгрупп в тылу войск, которым предстояло сражаться на Восточном фронте. Прямолинейный Мюллер восстановил против себя генерала Вагнера. Тогда Гейдрих поручил эту деликатную миссию ловкому дипломату и будущему шефу заграничного отдела СД (Амт VI) Шелленбергу, которому удалось уговорить военных, до этого времени твердо сопротивлявшихся каким-либо гестаповским действиям в своем тылу. Указания Гейдриха были жесткими: необходимо добиться, чтобы армия не только терпела присутствие оперативных групп в своем тылу, но и "вменила в обязанность своим ответственным службам оказывать полную поддержку всем мероприятиям этих групп, политической полиции и службе безопасности". Шелленбергу удалось успешно выполнить поручение, и в конце мая Гейдрих подписал соглашение. Он получил свободу действий на Востоке.
Массовое уничтожение евреев в Лиепае (Латвия), 15-17 декабря 1941
Было создано четыре айнзатцгруппы, разделившие между собой фронт по географическому признаку: А - страны Прибалтики, Б - Смоленск, Москва, В - район Киева, Д - южная часть Украины. Во главе их были поставлены испытанные нацисты, давно уже забывшие, что такое угрызения совести, которую постоянно подвергал нападкам Гиммлер.
В состав каждой айнзатцгруппы входило от 1 тыс. до 1200 человек, распределенных между несколькими айнзатцкомандами. Профессиональный состав групп был тщательно продуман и взвешен. На 1 тыс. человек приходилось примерно 350 эсэсовцев, 150 шоферов и механиков, 100 членов гестапо, 80 сотрудников вспомогательной полиции (набиравшихся обычно на месте), 130 сотрудников полиции порядка, 40-50 работников уголовной полиции и 30-35 сотрудников СД. Полагалось также определенное число переводчиков, радистов, телеграфистов, управленческих работников и женский персонал, так как в эти подразделения убийц включались и женщины (от 10 до 15 на группу). Руководящий персонал состоял, естественно, из гестаповцев и небольшого количества сотрудников СД и уголовной полиции.
Создание оперативных команд было завершено к концу июня 1941, а в начале июля они приступили к операциям. В инструкциях, определяющих круг их обязанностей, на первом месте стояла задача "ликвидации" евреев и политических комиссаров. Соответствующие приказы были доведены до командиров частей на совещании в Преце, которое провел 19 июня Штрекенбах, специально приехавший из Берлина. Во исполнение этого приказа еврейская часть населения, включая и детей, подлежала полному уничтожению. В Риге, например, было казнено 35 тыс. человек. В Киеве за время войны было убито 195 тыс. человек. Обергруппенфюрер СС Бах-Залевски с гордостью писал 31 октября 1941: "В Эстонии больше нет евреев". Расстрелы мирного населения сопровождались повальным грабежом. Конфисковывалось все, что можно было хоть как-то использовать: обувь, изделия из кожи, одежда, драгоценности, золото, ценные вещи. Олендорф рассказывал, что уничтожение евреев всегда начиналось, если позволяло время, с их принудительной регистрации в полиции.
Когда же их собирали, чтобы вести на казнь, вся их одежда и все вещи конфисковывались и передавались службе безопасности для пересылки в министерство финансов рейха.
Таким образом, убийства использовались как официальные методы финансирования государства. В начале 1942 в Берлине была изобретена неким нацистским технократом унтер- штурмфюрером СС Беккером чудовищная машина, названная впоследствии "грузовик З" - "душегубка".
Точное число жертв деятельности собственно айнзатцгрупп до сих пор не установлено, но только на территории СССР четырьмя оперативными группами было уничтожено около 750 тыс. человек.
Энциклопедия Третьего рейха. — М.: ЛОКИД-МИФ. Сергей Воропаев; предисловие, общая редакция, подбор иллюстраций, дополнения : Альберт Егазаров. 1996.