Akademik

дыра
Искон. Видоизменение общеслав. сущ. дира, в диалектах еще известного, производного от многократного глагола драть «драть» (ср. сдирать). Начальное ди > ды, вероятно, в результате ассимиляции мягкого д твердому р.

Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа. . 2004.