Akademik

в конечном счёте
наречное выражение
Не требует постановки знаков препинания.
Разведчик, если он оказывается в средоточии важнейших событий, должен быть человеком бесконечно эмоциональным, даже чувственным – сродни актеру, но при этом эмоции обязаны быть в конечном счете подчинены логике, жестокой и четкой. Ю. Семенов, Семнадцать мгновений весны. В конечном счете современный человек испытывает глубокое недоверие практически ко всему, что не связано с поглощением или испусканием денег. В. Пелевин, Generation «П».

Словарь-справочник по пунктуации. — М.: Справочно-информационный интернет-портал ГРАМОТА.РУ. . 2010.